Il primo personaggio controllato dal giocatore sarà Yuri, collaboratore dell’informatore russo Nikolai che ha collaborato con i due eroi americani John “Soap” MacTavish e John Price.
Nella seconda missione Manhattan sarà sotto assedio da parte delle forze russe, e il giocatore vestirà i panni del soldato Delta Force con nome in codice Frost.
Dopo la missione di New York ci sarà un salto temporale di 6 mesi, e il giocatore vestirà i panni dell’agente incaricato di proteggere il Presidente della Russia sventando il dirottamento dell’aereo sul quale sta viaggiando.
Nella missione successiva si torna a Price, Soap e Yuri, andati in Africa per cercare Makarov. Qui, dovranno supportare la milizia africana in Sierra Leone
Il gioco si sposta poi avanti e indietro tra Europa e Africa. In Germania il giocatore controllerà un carrarmato per respingere un attacco della Russia, che sta invadendo diverse nazioni europee, ma alla fine Amburgo cadrà. Lo scenario si sposterà fra Praga e le montagne limitrofe, per poi tornare in Germania, a Berlino
Si arriva anche al Cremlino, dove una task force riuscirà a liberare tre ostaggi ma fallirà nell’impresa di catturare Makarov
La missione finale sarà ambientata in un lussuoso hotel di Dubai, dove finalmente Makarov verrà ucciso da Yuri, Price e Sandman
Sembra che nelle sequenze finali dopo i titoli di coda, compaia un’immagine di Washington D.C. in fiamme: un’anticipazione di Modern Warfare 4
